Pada hari Senin tanggal 2 Desember 2019 Satgas Sungai Dinas Lingkungan Hidup Kota Yogyakarta melakukan pembersihan Sungai Manunggal. Jadwal Satgas Sungai Manunggal pada hari Senin ada di RT 27 RW 08 Kelurahan Semaki. Kegiatan ini rutin dilakukan setiap hari dengan menyisir titik-titk rawan pembuangan sampah. Kondisi Sungai Manunggal saat ini sedang mengalami kekeringan dimana tidak ada air yang mengalir. Sampah dan air limbah domestik adalah sumber pencemar yang dominan yang masuk ke Sungai. Oleh karena itu diharapkan adanya kesadaran dan keaktifan warga dalam menjaga kebersihan sungai, terlebih dengan indeks kualitas air yang rendah di  Kota Yogyakarta.