Pada hari Rabu, 12 September 2018, pukul 08.30 - 12.30 WIB dilakukan pemantauan kualitas air di Sungai Winongo. Pengambilan sampel air Sungai Winongo ini dilakukan setiap sebulan sekali di lima titik yaitu Jembatan Pingit, Jembatan Peta, Jembatan Serangan, Jembatan Taman Sari, dan Jembatan Bugisan. Laboratorium Pengujian Kualitas lingkungan Hidup Kota Yogyakarta melakukan pengambilan sampel  untuk memantau kualitas air sungai yang ada di Kota Yogyakarta. Kota Yogyakarta terdapat 4 sungai yang di pantau oleh laboratorium yaitu Sungai Gajah Wong, Sungai Code, Sungai Winongo, dan Sungai Manunggal. Pemantauan ini dilakukan oleh Laboratorium Pengujian Kualitas lingkungan Dinas Lingkungan Hidup Kota Yogyakarta dengan menggunakan alat pengukuran debit air, dan untuk parameter yang diukur di lapangan adalah DLH, TDS, Suhu, pH, Klorin Total, dan Turbidimeter.

Sampel yang telah di ambil oleh laboratorium ini kemudian di analisa di laboratorium pengujian kualitas lingkungan oleh petugas analisa yang berjumlah lima analis. Parameter yang di analisa adalah parameter FISIKA dan KIMIA. hasil dari analisa tersebut kemudian di verifikasi oleh petugas teknis hingga terbitlah Laporan Hasil Uji.